Tras la inclusión de tejidos en parafina, se procede a realizar cortes finos para su posterior coloración con reactivos que resaltan distintas estructuras celulares.
La coloración mejora la visualización y permite un análisis detallado de la morfología celular y tisular mediante microscopía óptica.
El microscopio óptico posibilita investigar la estructura interna de las células y órganos, obteniendo información morfológica y, con tinciones específicas, información sobre el contenido celular.