Los programas fitosanitarios del SENASA son fundamentales para proteger la producción agrícola argentina, sostener mercados y abrir nuevos destinos de exportación.
El programa de mosca de los frutos es un emblema, permitiendo mantener áreas libres como la Patagonia y los oasis de Mendoza, lo que facilita exportaciones sin tratamientos cuarentenarios costosos. El programa HLV, para una enfermedad destructiva de los cítricos, también muestra buenos resultados. El programa de langostas, el más antiguo del país, se coordina con provincias y productores para prevenir la aparición de poblaciones. Además, existen programas para la prevención de plagas ausentes, como el picudo rojo de las palmeras y el jopo de girasol (Orobanche), esta última una maleza presente en Bolivia que, de ingresar al país, causaría graves pérdidas en el cultivo de girasol. Se implementan alertas rápidas y trabajos de control, como el realizado en la isla Martín García ante la detección del picudo rojo.