Un grupo de científicos de la Universidad Nacional de Tucumán realizó en 1948 el primer relevamiento de las ruinas de La Ciudad Cita, revelando la presencia de huellas de tres culturas. El interrogante principal es por qué se construyó en un lugar tan hostil, a 4300 metros de altura, con escasez de leña y agua, y bajas temperaturas.
Las mediciones realizadas por Bravo en sus expediciones sugieren que La Ciudad Cita fue construida con una gran conciencia astronómica, con las puertas de la plaza principal alineadas con los solsticios de invierno y verano. Bravo concluyó que el sitio funcionó como un observatorio astronómico y centro religioso, aunque sus consideraciones fueron cuestionadas por su formación en física y no en arqueología.
Otros científicos, como Bushmit, consideran que, debido a su difícil acceso y emplazamiento, La Ciudad Cita pudo haber tenido una función mítica. Se barajan hipótesis como su uso para proteger la frontera oriental del imperio incaico de posibles invasiones, o como un santuario en altura para celebrar el culto y actividades rituales.
Las últimas teorías sugieren que La Ciudad Cita funcionó como un asiento de celebraciones públicas y centro administrativo, un símbolo de la presencia y el poder del Inca, más que una fortaleza defensiva. Las investigaciones actuales buscan profundizar el conocimiento y la conservación de este santuario incaico.