Las granjas salmoneras en el lago Yatigüe son una fuente importante de contaminación debido a los residuos de medicamentos y restos de animales muertos que se acumulan en el fondo. El alcalde de Fertillar ha solicitado el traslado de estas granjas a tierra firme para mitigar el impacto ambiental.
Además, la falta de conexión regularizada al alcantarillado en muchas viviendas y el colapso de fosas sépticas provocan que las aguas residuales lleguen directamente al lago, contaminando las napas subterráneas. La municipalidad prioriza la prevención y la orientación a los propietarios para regularizar sus conexiones sanitarias.