Los pingüinos papúa construyen sus nidos sobre arena, pasto o grava, utilizando piedras y ramas si la vegetación está disponible. Las hembras ponen dos huevos por temporada.
Una característica notable de esta especie es que no migra durante el invierno, permaneciendo en la colonia. En Isla Martillo, se ha observado un crecimiento significativo: de una sola pareja en 1993 a entre 25 y 30 parejas nidificando en la última temporada reproductiva.