Se cuestiona la metodología de los allanamientos en el caso Agostina, especialmente la falta de medidas de seguridad y preservación de la escena, como el cercado del área o la clausura del lugar.
Walter Gorban, experto en investigación, señala que estas "desprolijidades" en los procedimientos periciales pueden obstaculizar la investigación y la recolección de pruebas fehacientes.
Se destaca que, a pesar de la importancia de la vivienda en la investigación, no se habrían encontrado indicios relevantes en los allanamientos iniciales, lo que podría indicar una falta de pruebas científicas sobre la presencia de Agostina en el lugar.
Gorban sugiere que la falta de un protocolo riguroso en los allanamientos podría deberse a una falta de capacitación o a errores en el procedimiento, lo que genera dudas sobre la efectividad de la investigación.