El Cabildo de Buenos Aires también funcionó como cárcel desde 1725 y, en sus sedes anteriores, desde 1580 hasta 1880. Se estima que albergó a unos 300 presos antes de su traslado a la cárcel de Las Heras en Palermo.
Se detallan los calabozos para mujeres y varones. Los de mujeres se ubicaban en el ala sur, mientras que los de varones estaban en el patio del actual museo. Se exhibe un cepo de 12 bocas, evidenciando los castigos físicos de la época colonial.