Los operativos de control de transporte de alimentos y animales se realizan con el apoyo de la policía rural y gendarmería. Se fiscaliza la documentación de los transportistas, incluyendo la habilitación del vehículo, y se verifica la carga para detectar posibles incumplimientos.
Ante un incumplimiento, se realiza un acta online que evalúa el riesgo sanitario. Las sanciones pueden ir desde la interdicción de la mercadería o animales, hasta su decomiso. El Senasa acompaña todo el proceso, con el objetivo de garantizar la trazabilidad y sanidad de los productos de origen vegetal y animal.