La segunda etapa de recuperación del conjunto franciscano en Tucumán incluyó la consolidación de estructuras, saneamiento de desagües y la resolución de problemas estructurales causados por el agua. Se realizaron perforaciones para devolver la compacidad al suelo y frenar asentamientos diferenciales.
El Templo de San Francisco alberga un valioso patrimonio artístico, incluyendo retablos, imágenes y pinturas murales. La restauración de estos elementos requirió un trabajo minucioso de especialistas para ser fieles al estilo original del artista y a la historia de la obra.
Se documentaron detalladamente las patologías de cada retablo e imaginería, priorizando las intervenciones más urgentes como las del Cristo Yacente y el retablo de San José del Molina. También se relevó la imaginería en depósito dentro del convento.