En las décadas de 1980 y 1990, las FARC se enfrentaron al ejército colombiano y a grupos paramilitares, quienes cometieron crímenes contra la población civil. En los años 90, las FARC alcanzaron su pico militar con 20.000 combatientes.
Durante este periodo, cometieron secuestros masivos, atentados, extorsiones y reclutamiento forzado, incluso de menores de edad. Estos actos provocaron la pérdida de respaldo de sectores que alguna vez simpatizaron con sus causas.