El arbitraje del partido entre Uruguay y España generó críticas, principalmente por parte de la prensa europea, debido a un supuesto juego brusco del equipo uruguayo que el árbitro no sancionó adecuadamente. El árbitro principal, Fagani, ha recibido elogios de la FIFA y ha sido designado para dirigir encuentros importantes en el torneo.
Se explicó que la FIFA ha excluido a árbitros de países que podrían tener intereses directos en las semifinales (Argentina, Inglaterra, Francia y España) para evitar conflictos de interés. Fagani, un árbitro australiano de origen iraní, ya había dirigido a Inglaterra contra México, lo que podría haber influido en su no designación para el partido contra Argentina. Se mencionaron también polémicas en otros partidos dirigidos por Fagani, como Brasil-Noruega y el encuentro entre Uruguay y España, donde hubo quejas por jugadas violentas no sancionadas.