El fenómeno climático "El Niño" en Perú amenaza indirectamente a la población de monos capuchinos de Tumbes debido a las intensas lluvias y cambios en la vegetación.
Expertos señalan que el aumento de precipitaciones, la caída de árboles y las inundaciones modifican la disponibilidad de alimento, afectando la natalidad y el crecimiento de la población de estos primates. Se realizan patrullajes en áreas protegidas para monitorear la vida silvestre y se alerta sobre la fragilidad ambiental ante las crisis climáticas.