La historia del Canal Beagle se remonta a 30 millones de años, marcada por el movimiento de la corteza terrestre y las glaciaciones. Durante estos períodos, gran parte de Tierra del Fuego estuvo cubierta de hielo, y la falla del Beagle sirvió como cauce para los glaciares.
El posterior derretimiento de los glaciares y el ascenso del nivel del mar, hace aproximadamente 8.500 años, contribuyeron a la formación del actual Canal Beagle, así como de intrincadas redes de fiordos y canales marinos en la región.
Este proceso geológico dio lugar a un ambiente propicio para la proliferación de la vida marina.