La selección de granos es crucial en la elaboración del whisky, ya que no cualquier tipo de grano es apto. Se utilizan cebadas específicas para whisky, con parámetros químicos compatibles con las levaduras necesarias para la fermentación. El proceso de malteo, que consiste en humedecer el grano de cebada para que germine y luego detener esa germinación, es fundamental.
Este paso es el que da origen al aroma ahumado característico de algunos whiskys, como los escoceses, que antiguamente se secaban con turba por la ausencia de gas. En contraste, en Irlanda se empleaba carbón para este secado.