La investigación por la desaparición de Loan Danilo Peña ha sido marcada por presuntas irregularidades y desvíos desde su inicio. Se cuestiona la actuación de las autoridades y la manipulación de pruebas, como un botín plantado y la alteración de imágenes de un celular.
Entre los hechos que entorpecieron la causa se mencionan la detención de un comisario, la declaración contradictoria de la tía de Loan sobre un supuesto accidente, y el registro adulterado de un hospital. Además, se señala la desaparición de imágenes del celular de uno de los principales acusados, Pérez.
Estas situaciones han llevado a que la justicia provincial deba dar explicaciones sobre el manejo de la investigación, que posteriormente pasó a la justicia federal. El caso Agostina es citado como ejemplo de cómo los errores iniciales pueden complicar la resolución de un caso.