El Parque Nacional Marino Costero Patagonia Austral alberga una gran diversidad de fauna. En sus costas se encuentran 13 de las 16 especies de aves marinas que nidifican en el litoral argentino, y se reproducen 10 especies de mamíferos marinos.
Los lobos marinos, que estuvieron al borde de la extinción por la caza descontrolada hace un siglo, hoy habitan distintas islas del parque y representan más del 12% de las poblaciones de lobos marinos de la Patagonia Argentina. La abundancia de alimento en la zona es fundamental para la reproducción y cría de estas especies.