Los programas fitosanitarios del Senasa son clave para la producción agrícola argentina, el sostenimiento de mercados y la apertura de nuevos destinos. Se destacan programas como el de mosca de los frutos, que mantiene áreas libres en Patagonia y Cuyo, facilitando exportaciones.
El programa de HLV, para la prevención de la enfermedad destructiva de los cítricos, también presenta buenos resultados gracias a la coordinación público-privada. El programa de langostas, el más antiguo del país, previene la aparición de poblaciones de esta plaga.
Se trabaja en la prevención de plagas ausentes, como el picudo rojo de las palmeras (detectado en la isla Martín García) y el jopo del girasol (maleza presente en Bolivia que podría afectar el cultivo de girasol en Argentina). Se realizan alertas rápidos y trabajos de control en conjunto con provincias y productores.