Los errores cometidos en el caso Sofía Herrera, como la tardía activación de medidas de seguridad y la falta de un protocolo de búsqueda, sentaron las bases para la creación de la "Alerta Sofía". Este protocolo busca agilizar la difusión de la imagen de niños desaparecidos y el cierre de fronteras.
A pesar de la implementación de la Alerta Sofía, se critica que en casos recientes la activación del protocolo sigue siendo tardía, permitiendo que continúen desapareciendo niños en Argentina. La experiencia nefasta del caso Sofía Herrera se convirtió en un referente de lo que no debe repetirse en futuras desapariciones.