Una de las principales críticas a la investigación por la desaparición de Sofía Herrera es el cierre tardío de las fronteras, decretado 11 horas después de la desaparición. El juez de la causa sostiene que, aunque el cierre fue posterior, se notificó a todos los pasos fronterizos.
A pesar de la tardanza, se logró rastrear a todas las personas que salieron del país en esa franja horaria, tanto legal como ilegalmente. Se verificó a cada individuo, y no se encontró evidencia de que una menor de tres años hubiera sido sacada del país por pasos fronterizos legales.