Se denunciaron serias y evidentes irregularidades en el proceso licitatorio de la hidrovía, detectadas por la Procuraduría de Irregularidades Administrativas.
Entre las irregularidades, se menciona la exclusión de empresas chinas en la confección de los pliegos, lo que podría haber afectado la reducción de costos logísticos para Argentina.
A pesar de la suspensión de la licitación en febrero de 2025 y las denuncias sobre informes ambientales dudosos, la familia Neus, vinculada a Santiago Caputo, estaría detrás de la operación. Incluso se señala que Santiago Caputo viajó a Washington para dar explicaciones sobre este tema.