El último museo inaugurado en el país convive tres zonas temporales: el origen con el Fuerte de Buenos Aires del siglo XVIII, el siglo XIX con la Aduana de Taylor de 1855, y el presente con estructuras metálicas de alta tecnología y exhibiciones audiovisuales en 18 arcos de la Galería Bovedada.
Pasado y presente forman un texto de identidad nacional ligado a luchas, pérdidas y reconquistas sociales y políticas, con lazos a América Latina destacados en el Ejercicio Plástico, mural experimental de David Alfaro Siqueiros con argentinos Spilimbergo, Lázaro, Castañino y Antonio Berni, encargado por Natalio Botana para su quinta Los Granados.
La burbuja marina del mural envuelve al visitante con figuras ondulantes como Blanca Luz Brum, esposa de Siqueiros, en poliperspectiva que genera ilusión de movimiento e intimidad, trasladada al museo tras ser cortada con sus muros.
La galería de la Aduana Taylor alberga 14 videos sobre historia argentina desde la Revolución de Mayo de 1810 hasta el Bicentenario, con documentos, muebles, vestidos y pinturas; una sección de arte comprometido incluye obras de Carpani, Luis Benedit, Numa Ayrinhac y el óleo San Martín, Rosas, Perón de Alfredo Betanin.
El museo subterráneo muestra excavaciones del Fuerte, troneras hacia el Río de la Plata y un espacio meditativo sobre el río para reflexionar sobre la historia en pos de un mejor futuro.