La madrasa Darul Ullum Haqqania en Pakistán, conocida como la Universidad de la Yihad, educó a muchos líderes talibanes afganos. Ubicada cerca de la frontera con Afganistán, esta escuela religiosa islámica es cuna del movimiento talibán, surgido durante la invasión soviética a Afganistán en la Guerra Fría, que provocó una resistencia islamista.
El régimen talibán tomó control de Kabul en los 90, reconocido por Pakistán, hasta su derrocamiento por la invasión estadounidense en 2001. Ningún gobierno afgano, incluidos los talibanes, ha reconocido la frontera Durand como legítima, pese al amplio reconocimiento internacional, y Pakistán la defiende como punto fundamental en la lucha actual contra el régimen talibán afgano. Existen dos grupos talibanes: los afganos que controlan Kabul y el Tehrik-i-Taliban Pakistan (TTP), formado en zonas fronterizas como las antiguas FATA, que busca semi-autonomía bajo un estricto régimen islámico y se atribuye la mayoría de atentados violentos en Pakistán en 2025, incluyendo el mortífero ataque a una escuela en Peshawar en 2014 donde murieron más de 130 niños. Una víctima emblemática es Malala Yousafzai, sobreviviente de un atentado del TTP y ganadora del Nobel de la Paz.
El TTP surgió en la misma región fronteriza y, desde 2014, una operación militar pakistaní intentó expulsarlos de FATA, pero encontraron refugio en Afganistán, donde se sospecha zonas de entrenamiento. Pakistán acusa a los talibanes afganos de albergar y financiar al TTP para lanzar ataques, aunque estos lo niegan. Inicialmente, Pakistán apoyó el regreso talibán a Kabul en 2021 esperando ayuda contra el TTP, pero se siente traicionado ya que los talibanes ya no necesitan su apoyo y ahora miran hacia India, rival regional de Pakistán, como se vio en la visita del ministro afgano de Exteriores, educado en la Universidad de la Yihad, recibido como superestrella en India.
Pakistán enfrenta múltiples frentes: conflictos con India al este, talibanes afganos al oeste y ataques internos del TTP en la frontera, incluyendo un atentado suicida que mató a cinco ingenieros chinos en proyectos de infraestructura. China busca fortalecer lazos con ambos países. Países musulmanes median para evitar una guerra, pero negociaciones fallan por el trazado de la frontera, exacerbando la inestabilidad regional con lazos ideológicos entre ambos talibanes que se beneficiaron de la frontera permeable durante la Guerra contra el Terror de EE.UU. en 2001.